标本自动制作设备具有：读取部，读取ID数据，第一拍摄部)，拍摄包埋块的表面图像，标本制作机构(，薄切包埋块来制作薄切片(M)，并且将该薄切片固定在基板(G)上来制作薄切片标本(H)，第二拍摄部，拍摄薄切片标本中的薄切片的薄切片图像，记录部，在薄切片标本的基板上记录个别数据，控制部；该控制部具有：判别部)，对表面图像与薄切片图像进行对照来判别薄切片是否从作为加工对象的包埋块制作出来，存储部(12c)，将判别部的判别结果与ID数据建立关联来作为个别数据进行存储。