自动消毒设备包括消毒箱、安装箱、自动分离机构和搅动结构，所述自动分离机构包括圆筒、活塞、螺纹套和螺纹杆，所述圆筒的数量为两个，所述活塞位于圆筒的内部，所述螺纹套的底部与圆筒的顶部通过轴承连接，所述螺纹套的外表面通过平键与从动轮的内侧壁连接，所述安装箱内壁底部的中间位置连接有动力电机，所述动力电机顶部的输出端与空心柱的底部连接，所述空心柱的外表面通过平键连接有双槽皮带轮，自动消毒设备由于对消毒池进行的改进，替代了以往的消毒方式，从而便于提高对医疗器械的消毒效率，并节约了消毒液，自动完成消毒过程的效果。